Media Luna y sus alrededores fueron frecuentados por grupos de la Cultura de Rio Verde, asentados en la región entre el 250 y el 1100 d.C.  El análisis de materiales localizados al interior del manantial demuestra que fue utilizado como espacio ritual. El actual Proyecto Arqueológico Media Luna, dirigido por Pamela Lara Tufiño, ha estudiado la formación geológica del venero para conocer sus cambios en el tiempo. Se han prospectado áreas en tierra y agua, encontrando figurillas de cerámica y restos de vasijas. Además, se realizó una excavación subacuática que resultó en el hallazgo del cráneo de un individuo femenino y de un esqueleto que pertenece a una mujer sub-adulta, encontrado en una de las paredes. Finalmente, se han registrado más de 400 figurillas resguardadas en colecciones particulares y museos del estado.